Una cazarrecompensas llega a un planeta hostil donde unos piratas espaciales están intentando usar a los metroids en beneficio propio. La cazarrecompensas consigue derrotar a los piratas pero, dado el enorme peligro latente en la existencia de los metroids, va a su planeta natal a acabar con ellos. De él extrae una larva de metroid que decide llevar a un laboratorio para que sea investigada, donde se llega a la conclusión de que se podrían usar para beneficio de la humanidad. Sin embargo, los piratas espaciales vuelven a aparecer, secuestrando a dicha larva y llevándosela de nuevo al planeta Zebes donde Samus, una vez más, tendrá que penetrar en su base y hacer frente de nuevo a los piratas y a Mother Brain.
Esto es sólo la intro de uno de los mejores juegos de su generación. Ya el primer juego, de 1986, daba una importancia a la historia bastante inusual por aquella época, y esta tercera parte aprovecha perfectamente lo acontecido en Metroid y Metroid 2, de Game boy, para dar un trasfondo apasionante a la aventura y conseguir una inmersión muy lograda para ser un juego de 1994.
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